En 1999, l’ensemble vocal Arsys Bourgogne et le festival des Rencontres musicales de Vézelay cherchent alors un lieu pour implanter leurs activités naissantes. Le conseil régional de Bourgogne achète l’hôpital abandonné et le rénove avec le soutien de l’Europe et du ministère de la Culture et de la Communication. Après plusieurs années de travaux, l’hôpital rénové devient la Cité de la Voix et ouvre ses portes en 2010.
Depuis 2012, un programme de résidences artistiques, une saison publique et des actions culturelles à travers la région se développent. En 2015, Arsys Bourgogne, les Rencontres musicales de Vézelay et les activités de la Cité de la Voix fusionnent pour donner naissance à un seul établissement public. En 2019, les activités d’Arsys Bourgogne cessent. En 2020, la Cité de la Voix, le Pôle Voix du lab et Franche-Comté mission voix fusionnent et laissent place à l’établissement « Cité de la Voix Vézelay / Bourgogne-Franche-Comté » qui rayonne sur l’ensemble du territoire régional.